핵심 쟁점은 특별활동비를 '어느 범위까지' 받을 수 있는지였습니다. 원장들은 자치구청장이 정한 월 수납한도액(영유아 1인당 10만~12만 원) 안에서 받았으므로 적법하다고 주장하였으나, 대리인은 시·도지사가 정한 '보육사업안내'가 영유아보육법 제38조의 위임에 따른 법령보충적 행정규칙으로서 대외적 구속력을 가진다는 점, 그 보육사업안내가 특별활동비를 '실비(업체에 실제로 지급하는 용역대금) 범위 내'에서만 받도록 정하고 있다는 점을 들어, 업체 지급액을 초과해 받은 금액은 수납한도를 넘어 받은 것이어서 시정명령 사유에 해당함을 밝혔습니다.

다음으로 원장 자격정지의 요건인 '업무 수행 중 고의 또는 중대한 과실로 인한 손해'가 성립하는지가 다투어졌습니다. 원장들은 되돌려 받은 돈을 어린이집 운영에 썼으므로 손해가 없다고 주장하였으나, 대리인은 초과수납 자체로 학부모에게 그 금액 상당의 손해가 발생한 점, 원장들이 환급 사실을 숨기기 위해 배우자·형제 등 가족 명의 계좌로 몰래 돌려받은 점 등을 들어 고의에 의한 손해가 인정됨을 입증하였습니다.

원장 자격정지를 전제로 한 평가인증 취소·서울형 어린이집 공인 취소 처분에 대하여는, 서울형 공인 취소가 자격정지를 받을 경우 공인을 철회할 수 있다는 조건이 유보된 수익적 처분의 철회로서 적법하다는 점, 평가인증 취소처분은 어린이집 설치·운영자를 상대로 한 처분이어서 운영자가 아닌 원장에게는 그 취소를 구할 원고적격이 없다는 점을 밝혔습니다. 아울러 다른 자치구의 완화된 처분례를 들어 재량권 일탈을 주장한 데 대하여도, 적용된 처분기준과 비위 정도에 비추어 재량권을 벗어나지 않았음을 밝혔습니다.